Y大学は裁判において「研修は教育だから研修医は労働者ではない」と主張していました。
つまり、学生の一部であって雇用関係はないってことですね。
ですから、労働の対価である賃金ではなくて「奨学金」名目で手当てを支給していたわけです。

ですが、判決では「研修医と被告病院の間には、教育的側面があることを加味しても、労働契約と同様な指揮命令関係を認めることができる」と判示。
研修医を労働者とすべきことを明示しました。
この事例のように研修としての研修プログラムによる勤務であっても、そこに指揮監督下に置かれるような使用従属関係が認められた場合は法に規定する「労働者」であるという事です。

なお判示ではさらに細かく、

1. 仕事の依頼、業務従事への指示等に関する諾否の自由の有無
2. 業務遂行上の指揮監督の有無
3. 場所的・時間的拘束性の有無
4. 労務提供の代替性の有無
5. 業務用器具の負担関係
6. 報酬が労働自体の対償的性格を有するか否か
7. 専属性の程度−他の業務への従事が制度上若しくは事実上制約されているか
8. 報酬につき給与所得として源泉徴収を行っているか等

により使用従属関係か否かの判断基準として挙げています。
これらの使用従属関係が存在した場合、労働者として判断されるということです。

この事例ではすべてがこれに当たるとし、XさんとY大学病院には使用従属関係があり、XさんはY大学病院の指揮監督下に置かれる労働者としました。
同時に使用従属関係が認められる以上、Y大学病院にはXさんに対する安全配慮義務も「信義則上、負っている」としたことからXさん遺族らに対する損害賠償が命じられることとなりました。