一年単位の変形労働時間制は長期にわたることから他の制度に比べて様々な規定が設けられている。
第65条使用者は、妊産婦が請求した場合においては、第32条の2第1項、第32条の4第1項及び第32条の5第1項の規定(1カ月、1年、1週間の変形労働時間制)にかかわらず、1週間について第32条第1項の労働時間、1について同条第2項の労働時間を超えて 労働させてはならない。
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